Overzicht van het eerste seizoen.

Aflevering 01 - Sanctuary for All, deel  1
De 157 jaar oude Dr. Helen Magnus rekruteert de jonge psychiater Will Zimmerman voor haar geheime organisatie. Dr. Magnus blijkt onderzoek te doen naar allerlei bijzondere – en soms beangstigende – wezens die in onze wereld leven.

Aflevering 02 - Sanctuary for All, deel 2
Will Zimmerman probeert de Oost-Europese jongen Alexi te helpen met diens bijzondere afwijkingen. Ondertussen krijgt Dr. Helen Magnus een geheimzinnige bezoeker uit haar verleden, John Druitt. Dit blijkt haar voormalige verloofde te zijn, die ook bijzondere krachten heeft. Hij vraagt Magnus om hulp.

Aflevering 03 - Fata Morgana
Dr. Magnus reist samen met haar dochter Ashley en het nieuwe teamlid Will naar het noorden van Schotland. Daar ontmoeten ze drie vrouwen die 1200 jaar lang begraven lagen in een oude tombe. Will probeert de vrouwen te helpen. Ondertussen heeft een gevaarlijke organisatie genaamd Cabal echter duistere plannen.

Aflevering 04 - Folding Man
Het team onderzoekt een mysterieuze reeks overvallen waarbij goud wordt gestolen. Vervolgens komen ze in contact met een groepje dieven die hun lichaam geheel kunnen vervormen. Hierdoor kunnen ze zich door allerlei kleine ruimtes bewegen en zich bijvoorbeeld tussen muren verplaatsen.

Aflevering 05 - Kush
Dr. Magnus en Will storten met een vliegtuig neer in de Himalaya. Aan boord bevindt zich ook een gevaarlijk wezen dat eerder door het team gevangen werd genomen. Door de crash kan het wezen echter ontsnappen. Al snel blijkt het wezen iedereen te willen doden.

Aflevering 06 - Nubbins
Het team redt op een schip twee wezentjes die de gave hebben zichzelf onzichtbaar te maken. Ashley geeft ze naam ‘Nubbins’. Op het eerste gezicht lijken ze schattig en onschuldig, maar al snel blijkt het tegendeel waar te zijn. De Nubbins zorgen namelijk voor steeds grotere problemen.

Aflevering 07 - The Five
Magnus ontmoet in Rome een oude kennis, Nikola Tesla. Hij vertelt haar dat de Cabal uit zijn op wraak. (Zie de gebeurtenissen uit Fata Morgana.) Al snel ontdekt Magnus echter dat zijn loyaliteit ergens anders ligt. Ondertussen keert ook John Druitt weer terug.

Aflevering 08 - Edward
Detective Kavanagh vraagt zijn oude collega Will om hulp bij het onderzoek naar een verdachte zelfmoord. De zoon van het slachtoffer, een autistische jongen genaamd Edward, lijkt meer van de zaak te weten en blijkt al snel een ongewone gave te hebben.

Aflevering 09 - Requiem
Magnus en Will reizen naar de Bermuda driehoek nadat ze een noodsignaal ontvangen van een zeemeermin. Helaas komen Magnus en Will te laat: alle zeemeerminnen zijn gestorven door een gevaarlijke parasiet. Dan raakt echter ook Magnus geïnfecteerd.

Aflevering 10 - Warriors
Wanneer Danny, een oude vriend van Will, verdwijnt roept zijn vrouw de hulp in van Will. Samen met Helen en Ashley gaat hij op onderzoek uit. Het team komt terecht in een verlaten fabriek waar ze bloed en sporen van drugs vinden. Ze ontdekken dat de fabriek gebruikt wordt voor gevechten.

Aflevering 11 - Instinct
De journaliste Amy Saunders en haar cameraman Zach zijn dringend op zoek naar hun eerste exclusieve nieuwsverhaal. Daarom sluipt het duo een gebouw binnen waar eerder die dag drie mensen brutaal werden vermoord door een vreemd wezen. Al snel lopen Amy en Zach het Sanctuary team tegen het lijf.

Aflevering 12 – Revelations, deel 1
Magnus en haar team worden geconfronteerd met een nieuw biologisch wapen dat ervoor zorgt dat Abnormalen agressief worden en gewone mensen aanvallen. Dit wapen werd gecreëerd door de Cabal. Ook John Druitt keert weer terug.

Aflevering 13 – Revelations, deel 2
Ashley en Henry worden gevangen genomen door de Cabal nadat ze de wapen fabriek van deze organisatie zijn binnengedrongen. Dana Whitcomb, de leider van de Cabal, blijkt het virus wereldwijd te willen verspreiden. Ondertussen proberen Magnus en The Five een tegenmiddel te vinden.